Dans votre phrase, vous avez déjà choisi car vous avez écrit « ont été », donc il faut forcément accorder au pluriel.
Ce n’est pas : « cent litres d’eau a été polluée« , ou « beaucoup d’eau a été polluée« .

Plus généralement, voici la règle : pour cent litres d’eau polluée ou pollués
L’adjectif ou le participe passé qui suit un complément du nom s’accorde selon le sens soit avec le premier nom, soit avec le second.
Il faut considérer la totalité de la phrase : qu’est-ce que vous souhaitez qualifier de pollué ? l’eau ou les cent litres ? Il me semble que les deux peuvent aller, sauf que là vous insistez sur la quantité, donc accorder avec cent litres ne me paraît pas illogique.