Bonjour,

Il est clair que ce verbe, comme d’autres tels assurer, contrôler, peut se construire avec l’indicatif ou le subjonctif, mais cela dépend du sens et du contexte, c’est-à-dire du caractère hypothétique ou vraisemblable, de la subordonnée.

Voici des exemples:
Le soir, quand mon fils a fini ses devoirs, je vérifie que tout SOIT bien fait. (j’ai parfois des doutes sur la qualité de son travail).
Le soir, quand mon fils a fini ses devoirs, je vérifie que tout EST bien fait.(Son travail est toujours irréprochable,mais il s’agit là d’un contrôle systématique)

Ici on vérifie que l’ordinateur est  bien équipé de tous les logiciels, et qu’il ne manque rien.