L’usage, ou la présentation qu’ils font d’eux-mêmes, semble confirmer la large prédominance de « des » devant un nom au pluriel dans les intitulés d’organismes identifiés  :
– Faculté des sciences politiques ;
– École pratique des hautes études (EPHE) ;
– École nationale des beaux-arts ;
– Institut des experts-comptables et des conseils fiscaux ;
– Académie des écrivains publics de Suisse.
Néanmoins, il y a des exceptions comme « Faculté de lettres » – un moyen de se distinguer ? – ou « Institut de mathématiques appliquées » – sans doute un héritage du lointain singulier de « mathématique ».

On n’élide le de  ou le des  en d’  devant une voyelle ou un h aspiré que pour des entités ne représentant pas un organisme identifié : Une section d’études approfondies  ou Une classe d’experts-comptables.

On sent d’ailleurs immédiatement la différence entre « Une école d’ingénieurs » et « L’École des ingénieurs de Grenoble « …

Dernière précaution : même si les sigles en capitales fleurissent dans ce monde-là, le nom écrit de manière complète ne prend pas en français de capitale aux mots les composant : H.E.C. se déroule en Hautes études commerciales.