Vous êtes sur la bonne voie (une image pour dire le bon chemin) ; c’est en bonne voie (locution figée).
Au sens propre, « sur » suppose une voie plane et ouverte (voie ferrée, route…) alors que « dans » évoque plutôt une voie close (tunnel, boyau…).

Au sens figuré il me semble que les deux présentent des nuances mais se disent :
La profession : Il s’est engagé dans une voie difficile (il s’enfonce)
La méthode : continuez sur cette voie, (c’est ouvert et dégagé…)