« Les habitants que vous avez trouvés étranges » n’est pas une phrase complète, ce qui ne vous aide pas à analyser les mots.
Les habitants que vous avez trouvés étranges sont bien sympathiques
Cette phrase complexe est issue de deux propositions indépendantes
Les habitants sont bien sympathiques
Vous avez trouvé étranges les habitants

Que est là pour éviter la répétition du deuxième « les habitants » – il est COD et comme il est placé avant le participe passé employé avec l’auxiliaire « avoir » il y a accord : masculin pluriel