La différence entre le passé antérieur « après qu’ils eurent envahi » et le plus que parfait « après qu’ils avaient envahi » est la même qu’entre passé simple et imparfait.
Le PA a un aspect non sécant, c’est à dire qu’il montre le fait ou l’événement (le procès) dans sa globalité, dans une succession d’autres faits.
Le PQP a un aspect sécant : on nous place à l’intérieur du procès (déroulement de l’événement).

Comme ces deux temps sont composés, ils marquent l’antériorité et la différence entre eux est moins évidente qu’entre les deux temps simples. Reste que le PQP insiste sur l’écoulement du temps.

L’adoption de la religion islamique par les Mongols, trente ans après qu’ils avaient envahi la cité : l’invasion est évoquée dans son déroulement.
L’adoption de la religion islamique par les Mongols, trente ans après qu’ils eurent envahi la cité : l’invasion est donné comme un point dans une succession d’événements.

Les deux sont possibles. Au locuteur de choisir.