Votre participe passé n’est pas seul, il s’applique à quelque chose, c’est à celui qui écrit de le définir, l’accord en découle. Puisque vous le demandez, 
je pense que ce sont les contentieux qui sont liés à l’activité des marchés. donc : Le traitement des contentieux liés à l’activité des marchés .
Le traitement lié à l’activité des marché n’a pas de sens.