En » est senti comme un pronom personnel un peu particulier : il correspond à un syntagme introduit par de (même si ce de est dans le cas présent un article partitif), et il indique une quantité qui peut être non nombrable (De la bière, j’en ai bu) ou qui, si elle est nombrable, peut être l’unité (Combien en as-tu pris ? Une). Comme il exprime ainsi une portion imprécise de quelque chose, il est assez normal qu’on hésite à considérer qu’il représente un pluriel.

Le fait que en ne soit pas un objet direct comme les autres n’empêche pas qu’il puisse représenter un pluriel masculin ou féminin  pour les mots qui s’accordent avec lui :
En ai-je vu jetés à terre par les politiciens de ces courageux officiers !
Il y en a qui se contentent avec mon polichinelle.
Toutes ces choses qu’on raconte, il y en a qui sont vraies.
En particulier, que ayant en comme antécédent est un objet direct normal :
Des livres, j’en ai que vous n’avez jamais lus.

Cependant, l’usage n’est pas général, et il n’est pas rare qu’on traite en comme un autre pronom personnel et qu’on lui attribue le genre et le nombre du nom représenté. Cette variation ne peut donc être taxée d’incorrecte.
Ses ordres, s’il en a donnés, ne me sont pas parvenus. (Stendhal).
De même lorsqu’il y a un adverbe de degré.
Combien de gens il a convertis, combien il en a consolés.
Vos lettres, combien, depuis un mois vous m’en avez écrites.
Des gens comme nous en avons tant connus.
Dans des phrases comme la suivante, l’accord est commandé non par le mot en, mais par un pronom relatif objet direct placé avant le participe :
Il retournait contre sa mère les armes qu’il en avait reçues.

Les deux exemples que vous donnez ne sont donc pas incompatibles.