Selon moi, nous devons, pour répondre à la question, nous pencher sur la cause nous poussant à employer une majuscule au mot église.

En allant examiner sa signification dans différents dictionnaires, j’ai pu constater que les premiers sens du terme se référaient tous à la chrétienté.
Cependant, cette dernière définition me sis parfaitement pour répondre à la question :
« 5. PAR ANAL (avec un é minuscule) Ensemble de personnes professant une même doctrine, animées d’une même foi. »

Cette dernière ne laisse pas place à un quelconque débat sur l’utilisation de la majuscule ou non.
Si nous souhaitons employer le Français tel qu’il nous est légué :
-La Chrétienté est le sujet => Église.
-Une autre institution religieuse est le sujet => église par analogie à l’Église.

Nous sommes donc supposés ne pas mettre de majuscule dans ce cas.

Néanmoins, il me semble que le monopôle de l’emploi du mot « Église » reste sujet à débat étant donné que le mot d’origine latine semble signifier « assemblée de citoyens » (d’après le 4. du CNRTL – http://www.cnrtl.fr/etymologie/%C3%A9glise).

La définition du mot doit-elle être mise à jour ?