Ce sont bien les catapultes qui sont alignées et il faut accorder avec le sujet réel. Qu’importe qu’un attribut plus lointain soit de tel ou tel genre. singulier ou pluriel :
« On débarqua les catapultes : 
– alignées en rang, c’étaient les totems de la guerre
– alignées en rang, c’étaient le totem de la guerre.
– bien mises en batterie, elles étaient le symbole  de la guerre. »

NB La tournure « alignées en rang » est redondante et maladroite. Un seul des deux mots devrait suffire. Par ailleurs, un totem est par nature vertical. Une rangée, horizontale par définition, rend assez mal compte de ce symbole.