Vous devez accorder « soulevées », au féminin pluriel, car « les questions » est bien un COD. L’exception présentée dans la page en lien « les deux kilos que j’ai soulevé » est fausse, car là encore on a bien un COD (on écrit « deux kilos » pour parler d’une chose pesant deux kilos), et il faut accorder. L’invariabilité est réservée aux phrases où il n’y a pas de COD, et où le complément exprime en réalité une caractéristique interne d’une chose, par exemple son poids (les deux kilos que mon sac a pesé avant que je le vide).
Par ailleurs, appliquez une meilleure concordance des temps : « nous étions… qu’il avait » / « nous sommes… qu’il a ».