Oui la première est correcte, surtout avec une virgule (Où est-ce qu’elle est, la télécommande ?). Mais la deuxième non si comme vous le dites, et comme je le pense aussi, le sujet doit précéder le verbe : Où est-ce que la télécommande se cache ? Où est-ce que la télécommande est tombée ? Où est-ce qu’elle est ? La seule fonction du « est-ce que » intercalé semble en effet de permettre de placer le sujet avant le verbe (où habitent tes parents ? –> où est-ce que tes parents habitent ?), mais ce « est-ce que » devient absurde si on conserve l’inversion (où est-ce qu’habitent tes parents ?).
Alors pourquoi la question « où est-ce que la télécommande est » nous semble-t-elle un peu rude ?
Ce problème n’est pas spécifique à la construction avec « est-ce que« , et on peut l’étendre à l’interrogation indirecte qui théoriquement ne demande pas d’inversion. On entend en effet plus fréquemment l’inversion ici réputée fautive « savez-vous où est Paul ? / je me demande où sont mes parents » que « savez-vous où Paul est ? / je me demande où mes parents sont« , alors qu’on dit à l’endroit avec un pronom « savez-vous où il est ? / je me demande où ils sont ».
La difficulté de placer le verbe à la fin n’est manifestement pas une question de sonorité ou de fluidité, et il doit y avoir un autre aspect linguistique à considérer, lié au verbe « être ». Maintenant lequel ? Je vous laisse sans réponse mais avec l’assurance que votre tourment est désormais partagé, et j’espère qu’il vous paraîtra ainsi moins lourd.