A priori, je dirais plutôt le participe présent : les différences existant entre… = les différences qui existent entre…
Voyez avec la  phrase complète si en remplaçant existant par un adjectif synonyme, par exemple tangible, réel, etc. la phrase reste sensée. Si c’est le cas, alors les deux formes (participe présent > existant, et adjectif > existantes) sont possibles, sinon seule l’est la forme participiale.