Puisqu’il s’agit d’une guerre, c’est qu’il y a forcément au moins deux religions qui s’opposent.
Aussi, le pluriel semble s’imposer :
Une guerre de religions

Au pluriel, on écrira plutôt « les guerres de religion« , car on considèrera que ce sont des guerres qui concernent la religion.
Plusieurs formes sont appropriées, en fonction des cas, comme l’explique cet excellent article ICI