Il est bien dit le nom qui suit,  il faut également qu’il forme un tout (voir ci-dessus extrait du site Termium). Or Sire non seulement ne suit pas, mais précède Majesté. par ailleurs, il en est séparé d’une virgule, il ne forme donc pas un tout avec Majesté  : aucune des deux conditions n’est réunie, donc le pronom prend comme il se doit la marque du féminin.

« Par contre, si le titre honorifique est suivi d’un nom avec lequel il forme un tout, l’accord se fait avec ce nom :

• • Sa Majesté le roi est absent. (et non : absente)
  • Sa Sainteté le pape est arrivé hier. (et non : arrivée) »