C’est intéressant d’avoir posé une question très très très très générale, mais il y a plusieurs niveaux d’interprétation à toutes les utilisations d’un temps et d’un mode. Parfois, des temps ou des modes sont en concurrence pour une raison de sens, et rien ne nous empêche alors des utilisations différentes dans un même texte. Je ne vois aucune possibilité de répondre sérieusement sans décomposer la question en une multitude de cas. Comme vous concluez sur vos exemples 1 et 3, avec un subjonctif plus-que-parfait ayant la même valeur qu’un indicatif plus-que-parfait, puis avec un subjonctif plus-que-parfait ayant la même valeur qu’un conditionnel passé, en affirmant (un peu vite) qu’il n’y a pas de problème dans ces cas, je me limite au cas 2, sur l’imparfait du subjonctif.

Vous avez rédigé très vite un exemple ridicule au hasard, mais pourriez-vous travailler sur un texte que vous estimez bien rédigé dans un récit au passé simple ?
On peut utiliser l’imparfait du subjonctif :
— Bien qu’il fût déjà tard, je pris la décision de lui téléphoner.
On peut utiliser le présent du subjonctif :
— Je lui téléphonai car je voulais qu’il soit présent le lendemain.
On peut utiliser les deux à la fois :
— Bien qu’il fût déjà tard, je pris la décision de lui téléphoner pour lui dire que je voulais qu’il soit présent le lendemain.
Peut-on inverser les deux temps ? non :
— Bien qu’il soit déjà tard, je pris la décision de lui téléphoner pour lui dire que je voulais qu’il fût présent le lendemain.
Vous voyez là qu’il existe manifestement de bonnes raisons pour appliquer la concordance des temps, comme il existe peut-être dans certaines situations de bonnes raisons pour ne pas appliquer la concordance des temps. Il est en tout cas certain que des raisons sémantiques penchent pour l’abandon de certaines concordances artificielles et pour le maintien de certaines concordances utiles à la compréhension. On peut par exemple dire que dans une subordonnée non complétive, la concordance des temps porte un sens relativement important, même au subjonctif, qu’on peut souhaiter conserver, mais que cette précision n’a pas de sens particulier dans une complétive.
Cette phrase est ainsi bien construite :
— Il fallait que je vienne avant qu’il fût mort.
Je vous engage à réécrire votre phrase sur les videurs, contextualisée, bien claire pour le lecteur, tant quant à la situation décrite que sur la chronologie (j’étais affamé, il fallait alors que je mange rapidement… puis on me servit… et je commençai à manger… mais avant que je fusse rassasié… ils dirent…), et elle sera potentiellement défendable.

Par contre, non, il n’y a pas de raison euphonique à la disparition ou à la conservation du subjonctif imparfait : une tasse, de l’acier, un cilice, une pince, une nation… aucun de ces sons finaux n’est ridicule ou périmé. Les vieux sons et les sons modernes, ça n’existe pas. Quand pour une raison que vous pensez euphonique, vous conjuguez deux verbes de deux façons différentes, vérifiez, en inversant les conjugaisons, qu’il n’y a pas une raison sémantique derrière ce choix. Quand des mots sonnent bien, quand on accorde à l’oreille (vendeur de journal ou vendeur de journaux), ce n’est jamais une question d’euphonie, c’est toujours une question de sens. Choisir à l’oreille, c’est choisir selon notre compréhension.