Mettons la phrase initiale dans l’ordre et appliquons la règle très claire consultable  ICI.

1 -Toutes les périodes légalement assimilées de plein droit à du travail effectif et rémunérées comme tel (comme le travail effectif) sont assimilées à une période de présence.

ou, la répétition du verbe assimiler n’aidant pas à la clarté de la phrase :

2 – Toutes les périodes légalement assimilées de plein droit à du travail effectif sont assimilées à une période de présence et rémunérées comme telle (comme une période de présence)

Cette dernière phrase me paraissant pour le moins bancale, ma première réponse s’est basée sur la version 1.