En réalité, cette justification de l’emploi du subjonctif (après un verbe de sentiment ou de pensée) est largement simplificatrice (et pourquoi pas parfois ici ?). Il s’agit d’un sujet de recherche toujours en cours,  dont les conclusions sont très nuancées.
Il existe de nombreux cas où les deux modes (indicatif et subjonctif) sont possibles, avec des variations de sens.
Il existe des cas où on ne peut avancer cette simili règle. Exemple : Qu’il vienne demain est une certitude.
Ce qui est certain, c’est que le subjonctif donne au fait concerné une valeur plus abstraite, le présente comme un objet de la pensée.* Comparer avec : Il vient demain. C’est une certitude : où les deux faits sont deux informations placées sur un même plan.

*Ce qui explique pourquoi on le rencontre systématiquement après certains verbes.