Bonjour,
1- Il fut saisi d’une de ces pensées qui vous obnubilent, il se souvenait surtout d’un des derniers cours d’histoire qu’il avait donnés dans ce lycée.
Après un des, l’accord se fait au singulier ou au pluriel selon le sens.
Le plus souvent c’est le pluriel qui est utilisé car on insiste sur la pluralité comme ici sur l’ensemble des pensées et l’ensemble des derniers cours.

2- Elle les avait regardées flotter dans l’air du soir.
L’accord se fait avec le COD les, car placé avant l’auxiliaire et faisant l’action de l’infinitif flotter.
Au féminin pluriel uniquement si les représente des choses de genre féminin ou des personnes de sexe féminin. Il faut donc connaître le contexte.

3- Avait-il commis un acte qui aurait (eût) pu ébranler sa confiance ?
Il l’avait aidée à se relever comme si elle avait (eût) été une dame âgée.
Le plus-que-parfait du subjonctif est parfois encore utilisé dans le langage littéraire pour remplacer le conditionnel passé ou le plus-que- parfait de l’indicatif.