Mettre en œuvre est une locution verbale, c’est à dire qu’elle fonctionne comme un verbe simple. On pourrait ici la remplacer par le verbe organiser par exemple.
Mais cela ne change rien à la règle du participe passé  : auxiliaire être – accord avec le sujet (ici : les deux sujets).
Une transformation de la place et une végétalisation ont été mises en œuvre
Une transformation de la place et une végétalisation ont été organisées