Vert est un adjectif qui s’accorde avec le nom commun, si vous avez des yeux verts et qu’il y en a deux, il faut le pluriel.
Si vous avez les yeux qui comportent deux couleurs, vous pouvez écrire des yeux vert et bleu (comme on écrirait « des robes noir et blanc » pour montrer que chaque robe à les deux couleurs. Je ne suis pas sûre que cette règle s’applique avec « mi ». C’est à vérifier.
Si vous avez un doute, « des yeux vert et noisette » suffit, le préfixe « mi » qui signifie moitié est peut-être redondant voire curieux car il est difficile de dire que les yeux ont deux parties égales de chaque couleur, c’est plutôt imbriqué et irrégulier en général.
On peut même envisager des « yeux vert noisette », tout le monde verra bien de quoi il s’agit.