Bonjour,
Tout d’abord il faut mettre effectivement un trait d’union entre mi et l’adjectif.
On laisse le singulier car chaque oeil a à la fois les deux teintes.
Elle avait des yeux mi-vert mi-noisette.
SI un oeil était vert et l’autre noisette, on écrirait : Elle avait des yeux verts et noisette.