Je pense que le terme flot se rapporte à la flottaison,  du fait que le navire, pour y accéder ou pour l’entretenir, continue à flotter (au contraire de  la cale sèche ). L’expression « bassin à flot »  relèverait donc de la même logique que « mettre à flot » avec flot au singulier.
On peut se référer à ce document  : Glossaire des infrastructures et installations portuaires (logistiqueconseil.org)  qui définit les trois grand types de bassins d’entretien : bassin à flot (niveau d’eau constant), bassin à marée (à niveau variant au gré des marées), bassin de radoub (ou cale sèche).