Ceci est une règle. Normative. C’est à dire qu’on nous incite à nous y conformer.
Maintenant, si on observe les faits de langue, non seulement on constate que les deux modes peuvent être employés, mais encore, que chacun recouvre une nuance :

Je n’estime/considère pas qu’il ait raison : focus sur la première information : je n’estime pas – je je ne considère pas. Le fait 2 « avoir raison » n’est pas donné comme une information mais simplement comme l’objet de l’opinion

Je n’estime/considère pas qu’il a raison  : nous avons deux informations d’égale importance : le fait 1 (l’opinion) et le fait 2 (il a raison).
On n’utilise sans doute pas les deux modes indifféremment selon le contexte.

Je sais que ces observations ne sont pas toujours les bienvenues; mais il faut être conscient que l’emploi du subjonctif est complexe et est encore l’objet de recherche.
Il serait dommage de se priver de deux formulations et donc de deux nuances de sens.