Je suis d’accord avec Tara, à la forme affirmative, nous aurions :
Le salaire a  bien été calculé : a été effectivement calculé
Le salaire a  été bien calculé : a été correctement calculé

En revanche, nos points de vue divergent car ça ne fonctionne pas à la forme négative « le salaire n’a pas bien été calculé » ne signifie pas « il n’a pas été effectivement calculé » ce qui n’aurait pas de sens.

Aussi, à mon sens, la seule bonne tournure est : Le salaire n’a pas été bien calculé.