Réduisons l’exemple pour y voir plus clair :
– X est le meilleur footballeur qui ait existé : emploi du subjonctif, le pronom qui représente X.
– X est le meilleur des footballeurs qui ont existé : emploi de l’indicatif, qui représente les footballeurs.
Dans votre exemple, qui ne peut représenter un mot qui n’est pas mentionné et se rapporte donc aux nations indiennes qui le précèdent immédiatement (sens de parmi celles). Mais il faut alors employer l’indicatif : « C’est de ce moment que date l’effondrement de la plus grande et de la plus civilisée des nations indiennes qui ont jamais existé sur le territoire américain. »