Il faut d’abord déterminer quel est le degré de lexicalisation de l’antonomase « Saint Thomas »
Une antonomase est un nom commun qui est employé comme un nom propre, ou un nom propre qui est employé comme un nom commun.

Si, se référant à un de ses élèves, un professeur dit : je ne peux m’occuper davantage d’Olivier. Des Olivier, j’en ai connu des dizaines…
L’antonomase est « neuve », et n’appartiendra jamais qu’au discours de ce professeur.
Dans ce cas, il garde sa majuscule et ne prend pas d »S » au pluriel.

Lorsqu’on oublie complètement qu’il y a antonomase, elle est lexicalisée et se comporte comme tous les noms propres : Renard était le nom du goupil dans Le Roman de Renart; il perd sa majuscule et on écrit « un renard, des renards ». De la même façon, « une harpie », « une mégère » ne sont plus ressentis comme des antonomases.

« Un Harpagon » est une antonomase pour désigner un avare; » un Machiavel »,, « une Lolita », « un Don Juan »…
Dans tous les cas, on garde la majuscule du nom propre. Prennent-ils un « S » au pluriel ? Apparemment et le plus souvent non si je me réfère à l’option de l’auteur averti de « Quels fonctionnements discursifs pour l’antonomase du nom propre (Sarah Leroy).
En revanche, je lis dans ce même ouvrage : Des Folcoches, il y en a des dizaines.

« Saint-Thomas » me paraît être une antonomase relativement rare. On entend beaucoup la comparaison : « je suis comme saint Thomas », plus rarement « c’est un saint Thomas ».
Je ne m’aventurerai pas plus que Prince sur la graphie de « saint » puisqu’il nous avertit de sa complexité. Cependant pour ce qui est du pluriel, je ne mettrais d’ « S » ni à « Saint » (et j’allais dire « ni à Thomas » dont la finale simplifie les choses); mais j’utiliserais des majuscules pour les deux mots*. J’écrirais donc : « des Saint Thomas ».

*en effet, « Saint Thomas » renvoie à un seul Thomas, celui qui doutait de la résurrection de Jésus, et les deux mots ont quasiment pris la valeur d’un nom propre composé.

En conclusion : les pratiques sont assez floues, hormis aux deux extrêmes. L’antonomase entièrement lexicalisée et l’antonomase dite discursive (neuve, personnelle, en situation).