Bonjour,
Le doute peut subsister dans votre phrase, mais il faut accorder le verbe avec “ce” et de ce fait l’écrire au singulier.
On écrira donc :
– Ce que j’avais pris pour des gouttes de pluie était en réalité d’énormes grêlons
ou :
– Les gouttes de pluie que j’ai vues étaient en réalité d’énormes grêlons