Votre question n’est pas réellement un problème de sigles, mais d’emploi des capitales dans les combinaisons  de mots qui les engendrent, ce qui est un peu différent…

Pour le S.T.O., il n’y a à mon sens pas de capitale initiale, car il ne s’agissait pas d’une société, organisation, école ou que sais-je qui lui aurait conféré l’unicité et le statut de nom propre.  Il s’agit du même type d’abréviation que S.V.P,  relative à une expression couramment utilisée.