Je me demande si cette phrase est correcte en  matière de ponctuation, ou si cela dépend de l’effet stylistique que l’auteur souhaite donner à ses phrases. 

La ponctuation est souvent affaire de sens mais  je ne mettrais pas de virgule après « correcte », puisque « en matière de ponctuation » est lié à correcte.

 Je me demande si la ponctuation de cette phrase est correcte,  ou si cela dépend de l’effet stylistique que l’auteur souhaite donner à ses phrases. 

La locution En termes de signifie « dans le vocabulaire de » : en termes de diplomatie, en termes de sport, en termes de marine, de droit, etc., et on ne doit pas lui donner d’autres significations. En termes de, au sens de « en matière de, quant à, pour ce qui est de, du point de vue de », est un anglicisme à proscrire.

1. Votre virgule n’est en fait pas après correcte mais avant en matière de. Vous avez en effet inséré une « incise », un segment compris entre deux virgules, deux parenthèses ou deux crochets. Il faut donc conserver ou enlever les deux virgules ensemble.
2. La locution « en termes de  » (toujours au pluriel) n’est pas appropriée ici.  Elle signifie proprement « en utilisant les termes de tel domaine ».  « En termes de droit » veut dire « en utilisant le vocabulaire spécifique du droit ».
3. Formulation proposée :
« Je me demande si cette phrase est correcte pour la ponctuation ou si cela dépend de l’effet stylistique que l’auteur souhaite donner à ses phrases. »