Il n’y a pas de raison de ne pas faire l’accord : « présents » est attribut de « nous ».
ou alors : nous répondrons toujours : « présent ».

Les deux accords sont possibles, extrait du dictionnaire de l’Académie :

Si les longues discussions ne vous rebutent pas, vous avez ici des explications sur ce choix entre singulier et pluriel.

Comme vous le lirez sur le site très bien documenté Parler français, les autorités linguistiques semblent hésiter à prescrire une solution ou une autre. Vous ne risquez donc pas la « faute » qui tue.
Personnellement, je suis enclin à voir ici une locution figurée qui s’est figée et affranchie avec le temps de tout accord par rapport au style direct. On a de même crier grâce ou dire bonjour.
Si cela a un quelconque intérêt, on peut toujours réintroduire le style direct avec ponctuation : À l’appel de son nom, chaque élève a répondu « présent » ou « présente » avant d’aller s’assoir.