Jean-Pierre Colignon donne une partie de la réponse ici. En suivant les règles typographiques habituelles, on devrait écrire le mont Saint-Michel pour parler du mont (élément topographique) et le Mont-Saint-Michel pour parler de la commune (commune qui s’étend sur le mont lui-même, mais également sur la terre ferme). Dans les faits, le Mont-Saint-Michel est un cas à part, et je l’ai toujours vu écrit avec trois majuscules et des traits d’union, que l’on parle de la commune ou juste de l’îlot.

Le problème de cette simplification typographique s’incarne bien dans votre question. Lorsque l’on parle du « mont », parle-t-on de l’élément typographique (nom commun, minuscule) ou de ce lieu particulier (nom propre, majuscule) ? Les exemples suivants illustrent cette complexité : « au milieu de la baie s’élève le mont », « au sommet du mont trône une abbaye », etc. Aucun doute en revanche dans « ce week-end, nous allons au Mont » (majuscule incontestable ici).

Selon moi il n’y a pas de bonne réponse à cette question. Il faut choisir une graphie et s’y tenir pour ne pas perdre le lecteur. J’aurais tendance à choisir la majuscule (je suppose que la plupart du temps, « mont » est utilisé comme nom propre), mais certains cas me feront grincer des dents. Selon le type d’ouvrage, on pourrait toutefois faire coexister les deux graphies, voire choisir la minuscule (ouvrages techniques ou géologiques par exemple).