Normalement, la ponctuation n’a pas pour objet de créer des pauses à l’oral, surtout si cela vous conduit à enfreindre des règles : pas de virgules entre le sujet et le verbe, pas de virgule entre le verbe et son complément…
Donc la ponctuation de votre seconde phrase n’est pas correcte, comme vous le supposez très bien.
Pour votre première phrase, je supprimerai la première virgule. Suggestion : première étape plutôt que numéro 1.

« Normalement, la ponctuation n’a pas pour objet de créer des pauses à l’oral, »

Excat.  Normalement.  Dans sa fonction de base.  Mais si dans le style de l’auteur, il insiste particulièrement sur le reflet de la forme orale, n’est-ce pas dès lors acceptable ?  Les règles concernant la virgule concernent la structure.  Pas le ton.  D’ailleurs, beaucoup estiment qu’on ne doit jamais mettre de virgule devant un « et », pourtant dans certains cas, c’est justifiable.  Donc au vu du besoin d’un élément de ponctuation pour marquer des pauses, la virgule n’est-elle pas le bon choix ?  Comme toute langue évolue et qu’elle s’adapte aux BESOINS, n’est-ce pas là une fonction acceptable de la virgule, en particulier si le but de l’auteur est d’incarner au maximum le langage oral, et d’insister sur certaines pauses, et donc de refléter l’âme de l’écrit ?

Edit :  Je viens de trouver ce lien qui va dans mon sens.  Je distingue aussi le système structurel du système respiratoire ( pneumatique ) : https://french.stackexchange.com/questions/16236/la-virgule-entre-sujet-et-verbe-est-elle-vraiment-incorrecte

Il semble bien que ces deux phrases soient la transcription écrite de propos prononcés à l’oral.
L’écrit ne répond pas aux mêmes règles que l’oral. Pour mettre en relief un élément, le locuteur a des moyens non linguistiques  intonation, accents d’intensité, gestes, mimiques, silences.
L’écrit a d’autres moyens.Pour la première phrase, ce n’est pas une virgule qui convient mais deux points qui annoncent une (mini) énumération  :
La justification est l’étape numéro un : pour faire de vous des esclaves, pour corrompre davantage votre âme. (Et on répète la préposition  « pour ».
En ce qui concerne la deuxième phrase, la virgule ne convient pas. Elle ne se justifie pas. Pour mettre en relief « force », on procèdera autrement. Par exemple :
La  force  exprimée à travers la faiblesse des autres, cette force-là n’est pas de la force en réalité, car la vraie force ne dépend pas de conditions particulières pour s’exprimer.

Si on veut réellement rapporter des paroles telles (enfin à peu près) qu’elles ont été prononcées à l’oral (noter que ce n’est qu’une impression d’oralité, sinon, ce serait parfois presque illisible*) , alors, employez des points de suspension pour les silences. 
La force  exprimée à travers la faiblesse des autres… n’est pas de la force en réalité, car la vraie force ne dépend pas de conditions particulières pour s’exprimer.
La justification est l’étape numéro un …. pour faire de vous des esclaves, corrompre davantage votre âme.

Je viens de trouver ce lien qui va dans mon sens. Je distingue aussi le système structurel du système respiratoire ( pneumatique ) :

https://french.stackexchange.com/questions/16236/la-virgule-entre-sujet-et-verbe-est-elle-vraiment-incorrecte