Cette cave est grande, les bouteilles que nous n’avons pas bues y contiendront.
« y  » est un pronom qui désigne le lieu : J’y vais (je vais « quelque part », un lieu).

Votre phrase n’est pas correcte, voilà les corrections possibles.
– Cette cave est grande, les bouteilles que nous n’avons pas bues y tiendront. Les bouteilles tiendront « dans la cave », un autre verbe que « tenir » serait plus formel mais c’est pour la proximité de son.
– Cette cave est grande, elle contiendra  les bouteilles que nous n’avons pas bues.