Il me semble que c’est mieux parce que la phrase contient beaucoup d’informations. La virgule permet de mettre un peu de relief. Le groupe adverbial « juste avant leur fuite » est d’ailleurs déplaçable.
Cette séquence est marquée par un moment de silence hilarant entre M. Gustave et Zéro, juste avant leur fuite.
,Juste avant leur fuite, cette séquence est marquée par un moment de silence hilarant entre M. Gustave et Zéro.