Bonsoir,
c’est très compliqué de formuler un avis quand les phrases sont isolées, car le bon usage des temps s’apprécie aussi par rapport au fil général de l’histoire et au ton que l’on veut donner au récit. Essayons tout de même :

Séquence 1 :
La première phrase doit être conjuguée au plus-que-parfait pour marquer l’antériorité dans le passé  « …j’avais quitté la maison familiale. « Evitez  le  » Quelques années plus tôt » car on sait aussitôt après que c’était il y a trois ans, dites juste « Un jour…« , « Un matin… » ou rien du tout. L’imparfait « …je quittais…  » est mal approprié car cet évènement est ponctuel. On peut admettre le passé simple « …je quittai… » pour alléger le style. Comme vous précisez les dates, on comprend parfaitement l’antériorité, mais ensuite vous allez vous retrouver avec des formulations vieillottes du genre « vous allâtes « .
La deuxième phrase se construit ensuite de préférence à l’imparfait « Trois ans plus tard, je revenais.« , ce qui sous-entend aussi que ce retour va durer peut-être même jusqu’à aujourd’hui.  Mais on peut aussi utiliser le passé simple « Trois ans plus tard, je revins. » pour  souligner l’évènement particulier du retour et sans qu’on sache si cela a duré. Et le plus-que-parfait est également possible  « Trois ans plus tard, j’étais revenu. » si c’est à nouveau une situation du passé qui est antérieure à quelque chose qui va être raconté par la suite.

Séquences 2 et 3 : Vos suggestions  de plus-que-parfait comme de passé simple sont envisageables mais impossibles à analyser sans une lecture du texte plus globale. Tout dépend du déroulé de l’histoire, de l’ordre dans lequel elle est racontée et du temps principal  de narration que vous avez choisi.