Les deux modes sont corrects. Il y a nuance bien sûr. Une nuance qu’il est difficile de percevoir hors contexte. Mais qui existe cependant.
Remarque : dans cette phrase « jamais » a une valeur positive. il signifie « un jour ou l’autre ».

1- C’est le défi le plus complexe auquel l’humanité ait jamais été confrontée
2- C’est le défi le plus complexe auquel l’humanité a jamais été confrontée

L’indicatif présente le fait comme une information :  l’humanité a été confronté à des défis complexes. (Celui-ci est le plus complexe d’entre eux. )
Le subjonctif présente le fait comme abstrait, le produit d’une réflexion.