Je pense qu’il faut qu’ils se séparent
Seul le verbe de la subordonnée (soulignée) est au subjonctif, le fait exprimé par le verbe n’étant pas considéré comme réel. Le verbe falloir présente un procès qui lui, fait partie des certitudes se l’énonciateur

Avec un verbe dont la forme au subjonctif est plus perceptible : Je pense qu’il faut qu’ils viennent.