Oui, quand on parle à une Éminence, on s’adresse à elle à la troisième personne du singulier. De même que pour une Altesse, on dit : « Son Altesse. »
Vous pouvez aussi dire « Votre Altesse » ou « Votre Éminence », ce qui reste poli, et un peu  moins obséquieux.

Vous ne direz en aucun cas : « ton Éminence. » Sauf peut-être de manière humoristique pour taquiner un ami…