« Après qu’on a emmené les deux filles à la gare , Lucie a regardé le désordre que ses invités avaient causé. »

Ici deux valeurs sont données au passé composé :

-la valeur perfective (en remplacement du passé-simple) : s’est aperçue
– la valeur de postériorité : nous avons emmené

Si je remplace le deuxième PC par du passé simple (même valeur ici ), on voit mieux l’erreur :
Après qu’on a emmené les deux filles à la gare , Lucie regarda en soupirant le désordre
On n’écrira pas non plus :
Après qu’on emmena les deux filles à la gare , Lucie regarda en soupirant le désordre
Il faut, pour respecter la concordance des temps, employer un temps qui marque l’écoulement du temps entre les deux actions;  donc, qu’on raconte au passé simple ou au passé composé,  le passé antérieur :
près qu’on eut emmené… Lucie a regardé.
Le passé composé introduit par « après que » doit être réservé à une principale au présent.

« Après que nous avions emmené les deux filles à la gare , Lucie avait regardé le désordre /que ses invités avaient causé. »
Là oui, évidemment. A partir du moment où l’ensemble de la phrase est au plus que que parfait il se passe ceci :
Lucie avait regardé le désordre /que ses invités avaient causé  : on est dans l’antériorité par rapport au point présent de la narration (c’est la valeur unique du plus que parfait).
Après que nous avions emmené les deux filles à la gare : on a bien l’expression de la postériorité mais on garde le plus que parfait en référence au point présent de la narration.