Quoiqu’il ait fait une assez bonne course mercredi dernier, Paul peut mieux faire.
C’est bien le passé du subjonctif qui convient.
En effet nous sommes là dans le système du présent ; c’est à dire que le point d’ancrage se situe dans le présent de l’énonciateur. On le voit avec l’expression « mercredi dernier et le présent de l’indicatif « peut ». De plus on reconnaît une appréciation scolaire.
Un système de temps comporte plusieurs temps ; ici nous avons le présent « peut » . Pour exprimer ce qui s’est passé avant, on utilise le passé composé, ou, dans ce cas ou le subjonctif est requis, le subjonctif passé. Ce sont les temps composés qui expriment l’antériorité. Si on avait besoin de se projeter dans l’avenir, on utiliserait le futur : un système de temps comporte toute une panoplie de temps.

Si la phrase était au système du passé (point d’ancrage dans le passé), d’autres temps seraient utilisés, et une autre indication temporelle :
Quoiqu’il eût fait une assez bonne course le mercredi précédent, Paul pouvait mieux faire.
subj. PQP                                                                                                                        Imp.
Là aussi, pour marquer l’antériorité, on utilise un temps composé mais le PQP. du subjonctif.
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L’imparfait du subjonctif ne marque pas l’antériorité en voici un emploi :
Quoiqu’il fît nuit, ils partirent en expédition  : il y a simultanéité des deux faits
Au système du présent : quoiqu’il fasse nuit, il partirent en expédition.