Soit, selon le CNTRL :
En tête de phrase, il est la forme lexicalisée du verbe être au subjonctif,  présentatif qui expose un énoncé math.]
Soit M le point de l’espace …
Les deux possibilités existent ou ont existé. En effet, toujours selon CNTRL »Le distinguo entre le verbe être et la conjonction s’est fait progressivement et auj. encore, n’est pas tout à fait précis ».

Si vous penchez pour la conjonction ==Soit (invariable), comme « vu que, étant donné que »…
Si vous penchez pour le verbe être, « que soient deux droites » , « ce sont deux droites (présentatif »)==Soient, accord.

La tendance actuelle, est : Soit deux droites.
Comme pour « Vive le roi ! » , « Vive nos souverains ! »

Donc les deux sont possibles et non fautifs.