Je souhaite maintenant revenir sur les incises, et les règles de typographie et de ponctuation qui s’y rapportent.
Lors de mes recherches sur le sujet, j’ai d’abord trouvé ceci :
Parfois nommée incise de narration, l’incise est une proposition qu’on introduit à l’intérieur ou à la fin d’une autre proposition afin de signaler qu’on rapporte les paroles ou les pensées d’une personne… Ces incises se placent généralement après une virgule, un point d’interrogation ou un point d’exclamation.
J’en ai donc conclu que votre question ne portait pas sur les incises, puisque la question que vous posez ne s’y rapporte pas, et je vous ai fait grâce des règles de typographie qui s’imposent. Voir ICI
J’ai pensé que ce serait vous faire injure car, étant donné l’étendue de vos connaissances, vous savez déjà tout cela par cœur, c’est évident !

Votre cas est très différent, puisqu’il s’agit d’insérer vos propres pensées dans les phrases que vous écrivez.
J’ai donc cru comprendre que vous nous demandiez notre avis, et j’ai donc répondu en tant qu’auteur, en m’appuyant sur la typographie et la ponctuation que j’emploie moi-même en pareille situation.
Comme je le dis dans ma réponse, j’ai une nette préférence pour les tirets, notamment si la phrase est longue, mais la mise entre parenthèses me semble très convenable également.
Ce qui compte, c’est que le lecteur comprenne bien qu’il s’agit d’une intervention de l’auteur. Raison pour laquelle la mise entre virgules sera moins parlante, car moins lisible, surtout avec un point d’interrogation ou d’exclamation.
Par exemple :
Elle va finir par comprendre, j’ose l’espérer, mais je finis par en douter ! ,  qu’elle est en train de le perdre.
Personnellement, je trouve cela illisible (idem avec le point d’interrogation !)

Et puis surtout, puisque vous en êtes l’auteur, je vais répéter ce que je dis toujours, c’est à vous de décider comment vous écrivez et avec quelle ponctuation _ du moment que vous êtes compris par vos lecteurs _ même si cela va à l’encontre des règles établies, puisque cela n’engage que vous !
Personnellement je ne suis pas convaincue par la façon dont le grand Montaigne écrit : « Cette fantasie est plus seurement conceuë par interrogation : Que sçay-je ? comme je la porte à la devise d’une balance. »
Mais ça n’engage que moi ;°)