Eh bien pourtant c’est le pronom relatif « dont » qui convient ici .

« Dont », pronom relatif, remplace un nom qui a pour fonction :  complément introduit par « de ».

Il y a des mots
je ne connais pas la signification de ces mots.
Le groupe nominal souligné que « dont » remplace est bien un complément introduit par la préposition « de » (c’est ici un complément du nom « signification »)