Alors changeons de personne pour répondre sur le mode à employer:

Je me demande  si vous êtes certains qu’il peut compter sur cette présence ou si vous êtes certains qu’il puisse compter sur cette présence.
Les deux modes sont possibles.
Dans la première formulation, l’indicatif présente le fait comme intégré par « vous » et qu’on remet en question.
Dans la seconde formulation, le subjonctif pose d’emblée le fait comme un sujet auquel réfléchir, sans passer par les croyance de l’interlocuteur.

Comme souvent lorsque les deux modes sont possibles, la nuance est fine et les explications délicates.