L’emploi du subjonctif n’est pas simple du tout. Employer l’un à la place de l’autre n’ est pas toujours faux, cela peut être juste mais avoir un sens un peu différent.
par exemple :
Je cherche un chat qui est roux et qui  a  les yeux verts.
je cherche un chat qui soit roux et qui ait les yeux verts.

Dans le premier cas, cela veut dire que tu parles d’un chat qui existe. On peut penser que tu as perdu ton chat et que tu le cherches.
Dans le deuxième cas,,tu parles d’un chat hypothétique. Tu pourrais dire ça si tu vas dans un magasin pour acheter un animal que tu imagines comme ça.

Tout cela  pour dire que le subjonctif n’est pas forcément faux dans une phrase, il peut donner un sens différent.

L’emploi dépend de la sorte de subordonnée ( conjonctive, relative), de l’expression ( bien que,  après que…), du verbe… Donc c’est difficile de répondre sur un exemple.