La BDL précise que ce sont surtout les mots savants où le « gn » se prononce en deux sons distincts comme dans gnome.
Une liste en est donnée (sans qu’il soit précisé si elle est ou non exhaustive).

• agnat
• agnathe
• agnosie
• agnostique
• cognation
• cognitif
• cognition
• diagnostic
• diagnostiquer
• gneiss
• gnète
• gnome
• gnomon
• gnose
• gnou
• magnum
• pignoratif
• prégnance
• prognathie
• pugnace
• sphagnales
• stagnant
• stagner
• syngnathe
• wagnérien