…conscient de ce qu’il avait fait, mais, à cet instant, rien d’autre n’importait…si vous mettez « mais » entre virgule, vous le mettez en exergue (insistance).
La deuxième virgule n’est pas nécessaire ici.

…il se figea et, lentement, baissa la tête…  : les virgules qui encadrent l’adverbe montrent qu’il y a eu déplacement. Sinon on aurait :  : et baissa la tête lentement

Je pense que, ce que j’aime le plus, c’est …  : >Je pense que ce que j’aime le plus, c’est… : la première virgule ne convient pas : on ne sépare pas le verbe de son complément (pense que de ce). La deuxième virgule est nécessaire parc qu’il y a rupture avec le présentatif « c’est ».
On aurait en revanche : Je pense que ce que j’aime le plus est de contempler la mer.

Remarque : Lorsqu’un coordonnant, soit une ou un adverbe qui établit un lien entre deux unités lexicales, est placé à l’intérieur d’une phrase , il est habituellement précédé d’une virgule (sauf devant les conjonctions de coordination et, ou et ni).