Dans ce roman, il y aura certaines phrases à l’imparfait et d’autres au passé simple.
Il est raisonnable de faire un choix au départ et de traiter les subjonctifs de la même façon durant toute l’histoire, quel que soit le temps de la principale.
* Appliquer la concordance des temps pour tous les verbes dépendant d’un verbe à l’imparfait ou au passé simple :
— Il savait qu’il pleuvait. Il expliqua qu’il était fatigué. Il voulait qu’on l’écoutât. Il ordonna qu’on me fît venir.
* N’appliquer la concordance des temps que pour les verbes à l’indicatif dépendant d’un verbe à l’imparfait ou au passé simple :
— Il savait qu’il pleuvait. Il expliqua qu’il était fatigué. Il voulait qu’on l’écoute. Il ordonna qu’on me fasse venir.

Selon nos habitudes ou nos lectures, on trouve parfois que certains subjonctifs imparfaits passent bien dans certaines circonstances, et moins bien dans d’autres. On peut par exemple accepter facilement « bien qu’il plût à verse, je décidai de sortir », et trouver étrange l’absence de concordance dans « bien qu’il pleuve encore, le soleil brillait », c’est-à-dire préférer nettement ici la concordance des temps. On peut aussi trouver que la concordance sonne juste dans « je regrettais qu’il plût tant, mais je sortis », et pourtant préférer « un dieu ordonna qu’il pleuve » avec un passé simple d’immédiateté suivi d’une action par définition non simultanée, et s’affranchissant donc de la concordance des temps. Flaubert assumait de ne pas traiter tous les subjonctifs de la même façon, d’appliquer souvent la concordance au subjonctif, et parfois non, mais je ne crois pas qu’il ait donné ses critères.
Est-ce votre cas ? Est-ce dans un texte où vous appliquez régulièrement la concordance des temps que tout à coup, pour exprimer une action qui suit un ordre, vous trouvez le subjonctif imparfait de simultanéité peu adapté ? Quelle que soit votre impression, je vous conseille de traiter identiquement tous les subjonctifs des subordonnées, que le verbe de la principale soit à l’imparfait ou au passé simple, et que le subjonctif s’inscrive dans une simultanéité parfaite ou dans un moment qui suit.