Chacune des difficultés que j’ai vécues
Le participe passé s’accorde avec le pronom « que » qui reprend le nom féminin pluriel « difficultés ».
« Que j’ai vécues » est bien  une expansion du nom « difficultés » et non du pronom « chacune ».

On le voit mieux avec d’autres exemples :
– en remplaçant la relative par un complément du nom  : Chacune des filles/qui habitaient à côté/ de mon voisin.
– en remplaçant la relative par un adjectif : Chacune des maisons qui avaient été crépies en blanc/ blanches avait une architecture différente.